La guerre mondiale déclenchée en 1914 a impacté le monde entier, et le Racing Club Franc-Comtois n’est pas une exception !

Privé de plus de deux cents de ses sociétaires qui furent mobilisés pour représenter leur patrie, les bisontins auront quand même à coeur de poursuivre leur développement en mettant le stade des Prés de Vaux à disposition de toutes les actions de ce club omnisports.

Championnat annulé lors de cette saison, le RCFC prit l’initiative d’entrer en collaboration avec le club du S.C.Lip dans le but de poursuivre l’entrainement des joueurs en commun et d’organiser des matchs amicaux. Les recettes des matchs étaient alors destinées aux oeuvres de bienfaisance de la ville et à l’amélioration de la qualité de vie des soldats sportsmen au front à ce moment-là. Un nouveau bureau est alors élu avec à sa tête un nouveau président pour le Racing : Enerst GUENOT.

La saison suivante amènera le retour du championnat de Bourgogne Franche-Comté où les bisontins vont pouvoir retrouver le chemin de la compétition. 
Véritable réservoir de talent du Racing, le lycée Victor-Hugo remportera cette année le tournoi inter-collège face à Lons le Saunier 9 à 4 avant que le championnat reprenne ses droits en janvier 1916. 

Avec comme seul adversaire le Cercle Laïque de Dijon, les bisontins obtiendront le nul au match aller étant privé de 3 joueurs partis au front, dans les tranchées. Le retour, lui sera plus heureux pour les rouges qui remporteront le match 4 buts à 1 et remporteront un nouveau titre de champion !

Après 12 ans d’existence, le RCFC et son président GUENOT commence à réfléchir à l’idée de construire un stade à Besançon. 
Pensé aux Prés de Vaux, là ou tout se passe pour le club, les faiblesses du projet tel que l’éloignement du centre-ville, le danger d’inondation du lieu ou le financement insuffisant des travaux eurent raison de la création de cet édifice, malgré un cadre unique dans la vallée du Doubs.

Le 3 décembre 1916, le Racing créera une équipe III suite à de très bons résultats de ses deux premières équipes : sur 23 matchs joués, 17 l’ont été par les équipes I et II avec 83 buts marqués contre 18 encaissés. L’équipe est alors invaincue.

Le championnat de l’année suivante sera une nouvelle fois remporté par le RCFC face au Cercle Laïque de Dijon auquel le Racing infligera son meilleur score depuis sa création, une victoire 26 buts à 0 ! Le second adversaire des rouges était le R.C. Bourguignon qui déclarera forfait avant le match décisif à Besancon, offrant un 8ème titre en 10 ans aux bisontins.

La guerre faisant toujours rage, la saison 1917/1918 sera agrémentée par plusieurs matchs amicaux ou les différentes équipes du Racing aligneront des jeunes joueurs et principalement des lycéens. 

Le club participera tout de même à la coupe nationale (qui n’a rien à voir avec la coupe de France) créée en 1914. Il y affrontera le Racing Club Bourguignon, qu’il éliminera sur le score de 8-0, puis le tirage au sort opposera le Racing à l’Association Sportive Française, un des meilleurs clubs parisiens vainqueurs de la coupe interfédérale 1917 pour le 2ème tour. Reporté une première fois, les parisiens qui réalisent alors leur meilleure saison de leur histoire avec 18 victoires en 20 matchs déclareront forfait pour une cause surprenante : ils n’ont pas trouvé de place dans le train quittant la capitale. 
Voilà donc les Bisontins qualifiés pour les quarts de finale de la coupe nationale contre le plus vieux club de France, Le Havre Athlétic Club champion de Normandie. Un écart de niveau importante ne donnera guère d’illusions aux bisontins malgré un jeu agréable à voir jouer et une défense très courageuse, les rouges s’inclinent 4-0.

La guerre aura empêché le championnat de poursuivre son court normalement mais n’aura pas empêché le RCFC de construire son histoire et de vivre des moments forts de football !