Au début du XXème siècle, le football entrait peu à peu dans les moeurs du paysage français. Importé par les Anglais, à cette époque le plus grand club de France était le Racing Club de France. Au niveau régional, le Racing Club Bourguignon faisait office de grand dominant.

Le 21 juillet 1904, un groupe d’amis composé d’Étienne Laloué, Grégoire, Martin, Dumas et Gardet, prirent la décision de créer un club au sein de leur ville : le Racing Club Franc-Comtois était né à Besançon. Son premier président était monsieur Gelie.

Monsieur Grivet, commis d’architecte, crée le logo du RCFC, représentant un aigle noir dans un cercle héraldique bleu et rouge, sigle ressemblant à celui de la Ville de Besançon. 

Le but de ce club appelé à un brillant avenir si l’on considère les engagements reçus, est de créer à Besançon un centre sportif digne de rivaliser avec les meilleurs clubs français et étrangers. Le principal objectif sera de trouver un terrain où pourront se pratiquer tous les sports, cyclisme, football, course à pied, en général tous les sports.

Le RCFC était alors avant tout un club amateur où de jeunes gens se réunissaient pour pratiquer les sports athlétiques. Le football, lui, n’apparaitra au sein du club qu’à partir de 1905, à l’initiative de jeunes passionnés. Ils prendront ensuite le chemin des terrains le 8 octobre à 14H, pour le premier entraînement sur le terrain de la société des Prés de Vaux. 

Le premier match de championnat officiel aura lieu en 1906 au sein du “Championnat de l’Est” lors de la saison 1905-1906. Composé alors de 3 équipes, le RCFC sera opposé aux Sports Réunis de Montbéliard ainsi qu’à l’Etoile Sportive Comtoise. Ce dernier sera le grand rival de l’époque, que les racingmen battront pour la première fois lors du premier derby bisontin, le 20 mai 1906.

La saison suivante sera marquée par un changement de division puisque le RCFC disputera dorénavant le championnat de Bourgogne Franche-Comté, avec comme seul adversaire le RC Bourguignon. Il s’agira de la saison du premier titre pour les bisontins !

De 1907 à 1913, le RCFC remporte chaque année le championnat face à des adversaires tels que le SR Belfort, le RC Bourguignon, le SR Valentigney ou encore l’US Dijon, l’US Dôle et Chalon sur Saône.

Le maillot rouge frappé de l’aigle noir est devenu une équipe phare de la région et fait maintenant office de tête d’affiche alors que les pratiquants de l’association considéraient les Montbéliardais comme invincibles, et les Belfortains comme les rois du ballon rond à la création de cette section football du RCFC.

La guerre mondiale déclenchée en 1914 a impacté le monde entier, et le Racing Club Franc-Comtois ne sera pas une exception. Au cours de cette période, 200 membres du RCFC sont mobilisés. Toutefois, le club bisontin récupère son titre de champion en 1916 et 1917 grâce à de jeunes joueurs ayants pris la relève des aînés envoyés sur le front.

Le 21 décembre 1918, après que l’armistice ait été signé, le RCFC créera un livre d’or à la mémoire de ces sociétaires tombés au champ d’honneur. On y retrouvera une longue liste de soldats en tout genre ayant défendu les couleurs bisontines.

Dans les années d’après-guerre, le club bisontin va perdre sa suprématie régionale au détriment de l’AS Valentigney. 

Le 19 septembre 1921 sera une date historique dans les annales du Racing, puisqu’il jouera son premier match de coupe de France le long du Doubs face à son voisin, la Bousbotte Association. Défaits au premier tour cette année-là, les racingmen iront jusqu’au second tour la saison suivante après avoir éliminé Auxerre de la compétition. La réception de Sélestat, champion d’Alsace à de multiples reprises, est l’occasion pour les bisontins de se mesurer à une grande équipe avec qui le jeu fut égal de part et d’autre. Malgré le bon jeu du RCFC, celui-ci sera battu 4 à 1.

Le 23 octobre 1927, de nouvelles infrastructures arriveront à Besançon ! Après avoir défini un endroit propice à la création et à l’aménagement d’un édifice digne de représenter le RCFC, le stade de la Gibelotte sera ce qui se fait de mieux à Besançon.

3 ans plus tard, on apprendra que le RCFC, désireux de faire de nouveaux efforts en faveur du développement des sports, à Besançon, a décidé, la création d’un deuxième terrain de jeu. Poursuivant régulièrement ses efforts, le club a réussi à mettre sur pied, en moins de trois ans, un stade complet. Cette installation s’inscrit dans l’objectif de développement physique de la jeunesse par la pratique de sports en plein air. 

Il faudra attendre 1935 pour voir le Racing revenir sur le devant de la scène en remportant le championnat de DH Bourgogne Franche-Comté. Ils remporteront ce trophée régulièrement au cours des 10 prochaines années.

Viser plus haut que le championnat régional, c’est l’ambition des racingmen ! Le 30 mai 1943, le RCFC finira par gravir les différents échelons en phase finale nationale pour disputer sa première finale du championnat de France amateur, perdue 2-0 face à Angers.  

En 1945, après avoir pendant longtemps préférer le championnat d’honneur, c’est sous l’impulsion de Joseph Gialoni que le RCFC écrira à la FFF en vue d’une participation au championnat de France professionnel. Une demande que la fédération accepte sans problème, tant les installations et le niveau de l’équipe bisontine était déjà suffisante par rapport à d’autres écuries déjà professionnelles. C’est une grande nouvelle pour Besançon et cet événement fait sensation dans les journaux locaux.

Le RCFC dispute sa première rencontre pro en déplacement à Mulhouse et l’emporte 4-0. Pour une première apparition dans le groupe nord de la Division II, il finit à la 9ème place.

La saison suivante, il dispute un premier derby régional face au FC Sochaux et s’incline lourdement 7-0 devant 7.000 spectateurs. Les supporters bisontins devront attendre la saison 1950-1951 pour voir leur équipe performer dans cette Division II, après plusieurs années classées dans le ventre mou du championnat. Le club dispute alors les barrages d’accession pour la D1 après avoir terminé à la 4ème position.

1962 sera l’année de la confirmation avec une victoire en Coupe Drago ! Ce sacre signe le premier trophée de l’histoire du club au niveau professionnel, et une finale remportée face au Havre grâce à un but de Bonato à la 118ème minute, au bout des prolongations, le 29 juin 1962. Auparavant, le Racing a éliminé Nice, Bordeaux, Lens, le RC Paris, Sedan et le tenant du titre, Monaco. À leur retour à Besançon, les joueurs du Racing reçoivent un accueil triomphal de la gare Viotte jusqu’à l’Hôtel de Ville par une foule en liesse et défilent dans des « Américaines ». Ils sont reçus par l’adjoint au maire qui les félicite pour cette performance.       

Lors de la saison 1970-1971, le championnat de deuxième division connait un changement d’organisation et passe à 3 groupes de 16 équipes. Dans le groupe nord, le RCFC est donc opposé à des adversaires plus faibles qui lui permettront d’obtenir de meilleurs résultats, après plusieurs années de déclin depuis la victoire en coupe Drago.

Ce format ne durera finalement que 2 saisons et le Racing retrouvera une Division II à deux groupes où ils figureront principalement au milieu de tableau. On notera tout de même quelques éclats comme en 1977, avec l’un de ses meilleurs classements : une 6ème place.

Pour cette 33éme saison chez les pros, le RCFC n’est jamais aussi proche d’accéder en D1. À la trêve, il est champion d’automne grâce à une défense intraitable (9 buts encaissés en 17 matchs). Le club enchaîne les bons résultats et conserve la tête devant Angers qui est au coude à coude. Le match face au SCO se termine sur un 0-0 et le RCFC s’écroule à trois journées de la fin avec trois défaites en trois matchs. Le club finit 2ème et dispute les barrages où il s’inclinera 6-3 (score cumulé) face au Paris FC.

C’est la meilleure saison du Racing dans le monde professionnel.

En 1977, le club se dote d’un centre de formation. Les années suivantes, le club se classe honorablement en haut du classement avant de retourner dans le ventre mou au début des années 80 (10ème en 81/82, 11ème en 82/83, 7ème en 83/84 et 14ème en 85/86).

Cette dernière saison sera très difficile sportivement parlant en se maintenant in-extremis, mais également économiquement …

« Je suis très pessimiste quant à l'avenir du Racing » a déclaré M. Michel, président du Racing venant de présenter sa démission après avoir souligné que le déficit du club atteindrait trois millions de francs.

En proie à de grosses difficultés financières, le club finit par abandonner le football professionnel et dépose le bilan le 26 juin 1986. La section professionnelle de football est arrêtée. Le Racing Club Franc Comtois sera resté 41 saisons successives en D2, un record en France.