Le 1er juillet 1986, le RCFC devient le Besançon Racing Club. 

Le club évoluera en 4ème division en 1986. Les clameurs se sont tues, le professionnalisme a vécu, il faut repartir à zéro, mais sur quelles bases ? Ce sont des joueurs sans expérience qui devront représenter l’équipe première du RCFC (19 ans de moyenne d’âge).

L’effectif pro ayant migré vers une destination plus huppée, l’entraîneur Moureaux compte dans son équipe six juniors pour le match d'ouverture contre Annemasse. Une longue période d'apprentissage s'avérera donc nécessaire à cette équipe qui jouera pour le maintien.

Une mission qui sera trop difficile pour les bisontins, qui descendront en Division d’Honneur au terme de la saison.

Descendre pour mieux remonter, une devise que les bisontins ont bien appliqués par la suite !

Il ne leur suffira que d’une seule saison pour rapidement remonte en 4ème division en 1988 après un titre de champion de Franche-Comté. Deux saisons plus tard, en 1990, le BRC accompagnera l’A.S. Nancy en Division III après avoir terminé le championnat, dauphin des Nancéens.

Il faudra ensuite patienter pour les bisontins. Après 3 longues années en Division III, sans grand succès ni grande affluence au stade Léo Lagrange, le club parviendra à accrocher une 4ème place, synonyme de barrage. BRC, Arles ou Fécamp, qui seront les deux élus pour le C.N.F.1 (National 1 aujourd’hui) ? Fécamp a déjà pris une option en s’imposant en terre arlésienne, le BRC, s’il bat à Léo Lagrange Arles, sera le deuxième élu. Matrisciano tuera le suspens d’entrée en réussissant le hat trick pour propulser le BRC en C.N.F.1. Une victoire qui restera symbolique, puisque les Arlésiens seront finalement repêchés par la suite.

Les rouges s’engageront dans un championnat d’un tout autre niveau par rapport à la division III de la saison dernière. En effet, on verra des clubs comme Perpignan, Ajaccio, Châteauroux, Annecy, Louhans …

Après une 13ème place la première année, les racingmen lutteront chaque année pour le maintien, jusqu’à la saison 96-97 ou les bisontins ne pourront pas éviter la chute en division inférieure.

En 1999, une fin de saison folle attend les racingmen puisqu’avant l’ultime journée de championnat, cinq équipes peuvent prétendre à la place de dauphin et la montée en National : Dijon, Reims, Calais, Saint-Quentin et Besançon. Les Bisontins qui reçoivent l’épouvantail Auxerre (une seule défaite) doivent impérativement l’emporter en espérant que Dijonnais, Rémois et Calaisiens ne triomphent pas. Dijon sera battu à Metz, Reims et Calais seront tenus en échec sur leur pelouse, et le Racing, grâce à un super match, créera l’exploit à la fois de s’imposer et de gagner sa place en national.

Après s’être stabilisé au niveau supérieur, le BRC n’aura besoin que de 3 saisons dans le ventre mou pour être sacré champion le 24 mai 2003 après sa victoire 2-0 face à Cannes devant 6000 spectateurs. Il avait déjà validé son ticket pour la L2 le 16 mai 2003 après son nul 0-0 à Sète.

Dix-sept ans après la disparition du RCFC, Besançon retrouve la Ligue 2 et le monde professionnel.

Changement de dimension pour les rouges, qui se retrouvent face à des formations professionnelles bien en place.

Malgré un engouement naissant, et un stade Léo Lagrange quasi plein (9000 personnes face au Havre et Saint-Étienne à domicile), le Racing a du mal et se retrouve lanterne rouge à la fin des matchs aller sans être vraiment détaché. Tout espoir reste donc permis. Une deuxième partie de saison de meilleure facture ne permettra pas au BRC de se maintenir en L2 au terme de la saison 2003/04. Une 19ème place signe de relégation en National. Cette saison-là, il dispute un 16ème de finale de Coupe de France face à Créteil (défaite 3-1). 

Un visage maintenant bien connu du paysage français débarque à Besançon pour prendre le contrôle de l’effectif descendant en National : Bruno Génésio. Une saison décevante pour les rouges qui vont connaitre une véritable descente aux enfers, avec une nouvelle relégation en CFA.

Ayant perdu sa place en national sur le terrain, le BRC est rétrogradé en division honneur par la DNCG, puis sauvé par un bienfaiteur anonyme qui aura fait don d’un chèque de 70.000 euros.

Repartir en CFA, quelle est l’ambition du BRC ? Avec un effectif amoindri par de nombreux départs, le BRC finira l’année 13ème. La saison suivante, ils rateront de peu l’accession en National en 2006/07 pour deux points.

À nouveau sur le devant de la scène pour la saison 2007-2008, les Bisontins manquent leur objectif de quelques points face à Croix de Savoie, alors qu'ils étaient premiers jusqu'à trois journées de la fin. 

Après 2 saisons consécutives où la montée aura échappé aux racingmen, c’est en 2009 que le BRC retrouve le National en remportant le groupe A de la CFA.

Malheureusement, la DNCG frappe Besançon et rétrograde le club directement en CFA2. Une terrible nouvelle pour les rouges, qui seront finalement sauvés par le CNOSF. Le Racing participera bien au championnat CFA.

Le club finira par se maintenir dans la division, puis parviendra même à monter en National la saison d’après, cela malgré la vente de plusieurs joueurs importants pour assainir les finances du club. Cette fois-ci, la montée sera validée par la DNCG.

La saison 2011 – 2012 restera dans les annales du BRC, mêlant réussite et échec, joie et tristesse. Le 28 juin 2011 tout d’abord, la DNCG autorise l’équipe bisontine à disputer le championnat national. Une belle victoire pour le club. Sur le terrain, c’est une autre histoire. Après 38 journées, Le club ne parvient à remporter que 9 rencontres, pour 11 nuls et 18 défaites. Des résultats pas suffisant pour se sauver, le Racing redescend en CFA. 

Mais comme une mauvaise nouvelle n’arrive pas toute seule, après bien des polémiques au sujet du BRC, il n’est pas besoin de passer par la DNCG pour lui fixer son sort. Les membres de la SASP, faute d’avoir réuni pour le 29 juin 2012 les 520.000 euros nécessaires à combler le déficit, n’ont d’autre solution que de déposer le bilan, comme le 26 juin 1986.