Pour sa huitième saison en division d’honneur le Racing devait avoir comme adversaires Belfort, Sochaux, Audincourt, Pontarlier, la Bousbotte, le Creusot et Valentigney, mais les faits de guerre en décideront autrement. Malgré les circonstances présentes, la ligue de Bourgogne Franche-Comté fonctionna comme auparavant avec la création de groupes interdépartementaux. Le championnat débutera seulement le 7 janvier 1940 et le Racing sera opposé seulement à la Bousbotte et Pontarlier dans le groupe C.

La guerre est là mais le derby bisontin demeure toujours. Après avoir remporté et perdu une rencontre face à Pontarlier, les rouges se débarrasseront de l’autre équipe bisontine 3-0 puis 5-1 au retour pour remporter le titre dans ce mini-championnat.

La saison 1940/41 sera une nouvelle saison réussite pour le Racing. Baume les Dames et Saint Vit ont rejoint un championnat qui verra une nouvelle fois les bisontins être couronné en restant invaincus ! 8 matchs : 6 victoires et 2 petits matchs nuls.

Après deux saisons tronquées par la guerre on retrouve un championnat à 10 équipes. La coupe de France est également de retour mais reste divisée en trois zones : occupée, libre et interdite.
Audincourt sera la première victime du RCFC en phase éliminatoire, avant qu’un derby bisontin soit annoncé au programme des 16ème de finale face à la Bousbotte, qui sera battue sur le plus petit des scores grâce à une réalisation de Prudhomme en fin de rencontre.
Match de gala entre le Racing et Sochaux au tour suivant devant pas moins de 3000 spectateurs au stade municipal. Après une rencontre serrée, Kloetty va permettre au bisontin de passer en inscrivant le seul but de la rencontre après la pause. Homécourt ne sera pas très inquiétant et un score de 6 à 0 permettra au RCFC d’aller au tour suivant.
Les racingmen se rendront à Nancy pour y affronter l’Olympique Iris Club de Lille pour la demi-finale de cette coupe zone interdite. Mené 2-0 après 30 minutes de jeu, les racingmen parviendront à revenir dans le match en remettant les deux équipes à égalité à 10 minutes du terme de la rencontre. Mais à 3 minutes de la fin, un tir de Baratte mettra fin au parcours RCFC qui sort de la compétition.

La saison 42/43 sera historique pour le RCFC ! Le club bisontin sera tout d’abord champion de division d’honneur en remportant 12 de ses 14 matchs avec pas moins de 55 buts inscrits.

En phase finale du championnat de France amateur, les racingmen seront opposés à Gueugnon. Devant un stade municipal rempli de 5000 spectateurs, les bisontins l’emporteront sur le score fleuve de 6 à 0. Par la suite ils se déplaceront à Homécourt pour les quart de finales qui n’a jamais perdu un match sur son terrain cette saison. Missoum ouvrira la marque très tôt dans la rencontre et les racingmen parviendront à conserver cet avantage au score durant toute la rencontre pour obtenir sa qualification en demi-finale.
Direction Nancy ou les rouges seront opposés au Stade de Reims. Après une rencontre difficile et un véritable duel tactique, ce sont bien les bisontins qui iront à Paris pour y disputer la finale du championnat de France amateur. C’est une première historique pour le club franc-comtois !

Devant 10 000 personnes, c’est face au SCO Angers qu’une partie acharnée sera lancée. L’avantage tournera pour les angevins qui ouvriront le score à la 41ème minute de jeu. Malgré une nette domination bisontine en fin de partie, Angers plus déterminé ajoutera un second but à quelques minutes de la fin et remportera la compétition, laissant le RCFC déçu mais qui peut rester fier avec sa médaille d’argent.

L’équipe du RCFC était la suivante : Genin, Mikowsky, Martinez, Roy, Herzog, Schacherer, Evrard, Blind, Kloetty, Prudhomme, Missoum.